1749年(乾隆14年),作《怀人诗》,中有怀吴敬梓一首。
1751年(乾隆16年),无锡华淞客淮安,程晋芳与华及边寿民、史震林、周振采、邱谨、程茂等会于晚甘园。
1752年(乾隆17年),至金陵应试,经吴敬梓介绍与江宁严长明相会,并与严长明同出太平门游栖霞。长明纪以诗,诗中讲到晋芳曾筹划重修《宋史》。此年,程晋芳还为程茂题《晚甘园风雨晦明图》。
1753年(乾隆18年),入京,作《马乳葡萄歌》,旋复南返。
1754年(乾隆19年),程崟谱钱谦益事为拂水剧上演,程晋芳观后作《纪事诗》。无锡诸洛过淮南还,程晋芳为题《类谷居图》。
1755年(乾隆20年),浙江王又曾旅淮安,程晋芳与他及程茂等会晚甘园。
1758年(乾隆23年),作《卖花唱》、《张乐谣》、《田家赛神》、《空仓雀》等乐府二十章。
1761年(乾隆26年),程晋芳至金陵,识布衣诗人陈古渔。
1762年(乾隆27年)3月,乾隆南巡过淮,程晋芳献赋,召试行在,程作《江汉朝宗赋》四章。皇帝大悦,拔置第一,赐举人,授中书舍人,协办侍读事,后充方略馆纂修。此年程45岁,始悉弃在淮之产,偿清宿逋,举家北迁京师。
1762年(乾隆28年),与阮葵生等在北京集会,以京中一种民俗为题,作《斗鹌鹑联句》。
1763年(乾隆29年),为蒋士铨题《归舟安稳图》,送士铨南还。
1765年(乾隆31年),程晋芳以《鼠啮诗》为题,作长歌赠王宸。
1767年(乾隆33年)5月10日,作《淮阴芦屋记》,记边寿民往事。又作《文木先生传》记吴敬梓事。
1768年(乾隆34年),为兴化任大椿题《雪屋笺经图》。
1769年(乾隆35年),游苏州,会吴泰来、王文治等,作《钓弋行灯歌》。无锡华淞自淮返里,程晋芳来会。后又经皖北行,在扬州与沈大成、金兆燕、侍朝等会,作《竹西访桂歌》。
1770年(乾隆36年),中二甲第24名进士,官吏部验封司,后兼文选司主事。
1771年(乾隆37年),程晋芳自定《桂宦藏书目》。
1772年(乾隆38年),《四库全书》馆开,经诸大臣荐举,与任大椿等人先后入馆,分任编校工作。四库初稿完成后,经馆阁诸臣校覆,凡有讹错者皆受到薄谴,独程晋芳所辑毫发无疵。书成,乾隆皇帝特改授程晋芳为翰林院编修。由部曹改官翰林,事不多见,足见程晋芳才识渊博。
1773年(乾隆41年),与人同纂《春秋左传翼疏》32卷。
1774年(乾隆42年),江宁严长明客淮安,程晋芳为序《归求草堂诗集》。
1775年(乾隆44年),程晋芳因贫鬻所藏石涛《竹西歌吹图卷》。
晚年与朱筠、戴震游,乃究心训诘。著述甚丰,有《蕺园诗》30卷、《勉和斋文》10卷、《群书题跋》6卷、《礼记集释》、《诸经答门》12卷、《春秋左传翼疏》32卷、《诗毛郑异同考》10卷、《尚书古文解略》6卷、《尚书今文释义》40卷,《周易知旨编》30余卷。