生于顺治五年七月二十六日,好读书,常至通宵达旦,终至一眼失明。《庄子》一书为其最爱,因此其字取为“继庄”。康熙五年(1666年),吴三桂弑南明桂王,时献廷十九岁,双亲已逝,举家南隐於吴江,并因不时济贫以致倾家荡产。此後南隐吴江,直到康熙十二年(1673年),三藩之乱爆发为止。三藩之乱定後,献廷妻死,献廷遂抛家别子过著浪迹天涯的生活。康熙二十六年(1687年),献廷因万斯同之荐,北上应徐乾学聘,入京参明史馆事,增订《明史·历志》和《大清一统志·河南志》,“遍历九州,览其山川形势”,并结识当时名闻遐迩的学者,如王源。
康熙二十九年(1690年)离京返吴。次年七、八月之际,溯江西行。冬天时,抵湖南衡州,在衡州司马茹仪凤(字紫廷)延之署中过年。翌年正月十八日,开始游南岳,此游得识王夫之,并且十分推崇他。康熙三十二年(1693年)四月,献廷由昭陵(即湖南昭陵,在株洲南三十公里湘江东滨)。冬至日到湖南,于此写下许多有关当地风土人情的文字,直至翌日四月始离此东归。经过汉阳时受到汉阳令张寿民的款待,但张氏绝口不提复兴事,献廷暗自慨叹。之後他又自汉阳东行,在江西停留甚久,始返家乡。康熙三十四年(1695)春,献廷重游西湖。是年七月六日,病殁,与妻张氏合葬於吴江墓山。
著作多佚,仅存《广阳杂记》5卷。