方孝标，原名玄成，避康熙帝玄烨讳，以字行，一字元锡，别号楼冈，安徽桐城人。明万历四十五年（1617年）出生，清顺治六年（1649年）进士，官至内弘文院侍读学士，充经筵讲官。其父方拱乾在明朝天启年间就颇具文才，崇祯元年中得进士。清朝入关后，剪了辫子，入宫做了少詹事。（就是辅导太子的官，俗称东宫官，明朝洪武年间设立，康熙五十一年（1712年），废立皇太子后罢官署。
乾隆十八年（1753年）谕：“詹事府东宫僚佐，储贰未建，其官原可不设，第以翰林叙进之阶，姑留以备词臣迁转地耳”，自此以后，詹事府官员专备翰林院迁转之资。）但之后不久，方拱乾因江南科场舞弊案被劾纳贿作弊，曾一度发配宁古塔。方孝标因父之罪亦遭流放，此前他已是弘文院侍读学士，两年后方孝标获释，有一说法是说在康熙二年（1663年）方孝标大概是受朝廷委派到云南受吴三桂翰林职衔而滞留云南。吴三桂叛乱败露，他率先投降，得免于死，之后因其文采被康熙的哥哥大将军裕亲王福全授以国书龙牌，回到了南京。在南京，方孝标遁迹为僧，法名方空。他根据在滇、黔时所见所闻明末清初事，写了《滇黔纪闻》一书。另一说法是方孝标到云南访亲探友、游山玩水，吴三桂知晓方孝标文才卓著因而将其强制留在属下为官。戴名世案发后，方孝标已经亡故，因戴名世所著作《南山集》中论述有方孝标的《滇黔纪闻》一书，而此书中所记时日都以南明的“弘光”、“隆武”、“永历”为列比《南山集》更甚，著作《南山集》的戴名世因此坐案，自然方孝标更不能放过，即便此时其人只是些尸骨了，为谢“国恨”，一世英名的康熙竟然允准将方孝标挫骨扬灰的建议，罪名是丧心狂逆，文中多有悖乱之言，罔识君亲之大义，国法之所不侑，天理之所不容，即便已死也要罪及，于是上演了一幕开关戮尸，挫骨扬灰的丑剧，另文人无不发指。方孝标已死尚被罪及，其子孙及族人更是不被放过，其子方登峄等人一律斩绝，族中女子，除了嫁人的外，都流亡宁古塔充做官奴。之后在康熙五十二年（1713年），康熙似乎觉得戴、方一案杀戮太重，下旨将方登峄等方孝标的子侄从宽免死。
吴三桂之乱可能让康熙太过嫉恨，因而做过吴三桂属下官职的人同时亦遭康熙愤恨，对于方孝标案，康熙下旨，意思说：此案已经与朝中大臣商议，案子内牵连的方姓人都是十恶不赦，丧心逆狂之徒，那个方光琛还竟然当了吴三桂的丞相，方孝标也曾在吴三桂手下当过大官，这等悖逆朝廷圣恩，为虎作伥之人不对其挫骨扬灰显然不能平朕心恨，康熙还下令将方氏族人迁出原籍，不能留于本地。这样的惩处也太过了，既然已经对方孝标挫骨扬灰，对其子孙、亲族中妻女都流放为奴，还要牵涉其他旁支族裔迁往他地，专制帝王之残忍，不通清理可见一斑。其实在这里康熙帝以及一干查审大员犯了个“张冠李戴”的错误，在吴三桂手下做宰相的方光琛并非是桐城方氏一族，跟方孝标并无族缘关系。方光琛乃安徽歙县人，他的儿子方学诗等人也在吴三桂属下为官，戴名世《南山集》中所提及的方学士并非是指方孝标，而是指的这方光琛的儿子方学诗，康熙还曾问过廷臣，此方学士可否为漏网之方学诗耶，廷臣答说不晓得，由于诗与士翻译为满语后同音，因而将方学诗误以为就是方学士，后来再翻查族谱，采晓得歙洲方氏与桐城方氏并无血亲关系。
康熙亡故，雍正即位后大赦，受连累的方氏族人也被赦免、准允归回原籍。康熙帝在有史以来的诸多帝王中以圣明卓著，其贤德之名不在唐太宗李世民之下，唐帝李氏一族乃鲜卑后裔这似乎已是共识，李世民胸襟广阔并无华夷之别，也未见其对先朝遗老怀旧之文有杀戮挞伐之事，这康熙皇帝枉亏晓得西方的物理算术，通达之下竟不能容忍几个旧朝年号，其心之“小”也映照出其“卑丑”。而作为戴、方两案的发难者赵申乔更是其心卑鄙，有人议论说是赵申乔之子和戴名世同科，赵诏熊状元，戴名世榜眼，可能因此结怨，此说也有可能，当时戴名世享有盛名，时论也以为状元非戴莫属，但最后钦点的却是赵申乔的儿子赵诏熊。当时人就以此以为赵申乔从中做了什么手脚，可能连戴名世也是如此认为。误会之下，结怨完全可能。若真是如此，赵申乔矫情的说自己忠君爱国与耿直就更显得卑鄙无耻了。
