在清代著名学者全祖望的笔下，孙奇逢与李颙、黄宗羲并称“清初三大儒”；在当代学者的著述中，以孙奇逢的“北学”与黄宗羲的“南学”相提，也屡见不鲜。传统儒家以“立德”“立言”“立功”为“三不朽”，而历检孙奇逢的德行、著述和事功，亦足以当此“三不朽”。
容城属直隶保定府，孙奇逢出生于一个官宦家庭，父亲为官清正，为乡人所称。孙奇逢在少年时就志向非凡，十四岁入邑庠，谒杨尚宝，被问道“设在围城中，内无粮刍，外无救援，当如之何？”孙奇逢朗声答道“效死勿去”，杨尚宝料定此子日后必有大成。十七岁登万历庚子年京兆榜，与定兴鹿善继相识，一见如故。论学之余，彼此“以圣贤相期勉”。
二十二岁，孙奇逢赴京应试，途中闻父亲过世，随即弃考归乡。一准古制，服丧服，筑室墓旁，为父亲守丧三年。偏偏祸不单行，三年期过又遭母丧，孙奇逢心伤之余，一仍父礼，为母亲服丧三年。孙奇逢的“倚庐六载”，乡里提及，每每称颂不已。
明朝天启年间，魏忠贤把持朝政。天启四年（1624年），杨涟、左光斗、魏大中、周顺昌、黄尊素等人先后下狱。孙奇逢与鹿正（鹿善继父）、张果中等人倡义醵金营救，安顿诸人子弟，并函请督师山海关的蓟辽总督孙承宗“以军事疏请入见”，对魏忠贤施以威慑。一时义声震动儒林，誉为“范阳三烈士”。那时，鹿善继以主事身份辅助大学士孙承宗军事。奇逢就给孙承宗上书，以大义相责问，请求孙承宗紧急上疏搭救。孙承宗，准备借入朝觐见皇帝当面陈说求情，计谋未成而光斗等已经死于东厂监狱中。魏忠贤诬陷光斗等贪污巨大，严格追查他们的家属。奇逢与善继之父鹿正、新城张果中筹集士民捐助代为上缴。光斗等最终因此被归还骸骨，世人称道他们的行为，赞誉他们为范阳三烈士。台垣及巡抚交替上奏章推举他，推辞不起就职。孙承宗准备上疏请奇逢以职方来辅助军事，后来尚书范景文想聘为辅助筹画，都推辞不去。当时，京城附近盗贼横行，奇逢率领家人到易州的五峰山，他的门生亲友跟从相互保护的有数百家。奇逢部署防守抵御，此时教书育人也未曾停息。顺治二年，祭酒薛所蕴以奇逢学问品行可以相比元代的许衡、吴澄，推荐他执掌国子监，奇逢以有病推辞。七年，向南迁徙到河南辉县苏门，九年，工部郎马光裕以夏峰田庐相奉送，于是率领子弟躬耕于此，四方来学习的人，也给其授于田地来耕种，他们居住的地方形成村落。居住在夏峰二十五年，屡屡征召都不起来应召。
顺治元年（1644年）明亡后，由于故园被清军圈占，孙奇逢举家南迁至河南辉县。夏峰村位于辉县苏门山下，紧靠名泉百泉，山清水秀，地僻清幽。工部侍郎马光裕赠以田庐，孙奇逢从此隐居夏峰。此间清廷多次征诏，甚至以国子监祭酒之职相聘，均遭拒绝，时人尊称其为“征君”。
孙奇逢的著述多成于晚年隐居苏门期间，讲学之余，兼及著述。亲自定稿的著作有《理学宗传》、《四书近指》、《晚年批定四书近指》、《中州人物考》、《畿辅人物考》都是他居夏峰时所作。《理学宗传》是孙奇逢的倾力之作，是先于黄宗羲《明儒学案》的一部学术史著。全书二十六卷，三易其稿，几乎倾注了毕生心血。该书全面系统地反映了作者晚年的理学观点，特别是对程朱理学和陆王心学所持的态度。
康熙十四年，去世，年九十二。河南河北学者在百泉书院祭祀他。道光八年，从祀文庙。奇逢弟子甚多，而新安魏一鼇、清苑高鐈、范阳耿极等跟从游历最早。到家门问答，一鼇为最多。睢州汤斌、登封耿介都是做官到监司后去接受教育的，汤斌自己有传记。
